På Vega har den årlige elgmerkingen skapt reaksjoner. Flere vegværinger har reagert på helikoptre som de mener flyr svært nær dem og at elgmerkingen ser ut til å plage dyr som allerede er svekket av en lang vinter. Det er ikke første gang dette er tema på Vega, senest i 2019 ble en vegværing sitert på følgende: «Når jakta endelig er over, starter et helikopter med støy, larm og lavtflyging, og jager og stresser elg i dagevis. Dette har de holdt på med i 8–10 dager nå i januar. Slik har det vært i 25–30 år allerede.» I 2009 skapte det overskrifter da en halvbedøvet elg braste inn i SFO-bygget til Vega skole før den segnet om.

Det er ingen tvil om at de som forsker og merker elg må ta hensyn til lokalbefolkningen når dette arbeidet pågår. Sikkerheten til befolkningen må ivaretas når det skal flys lavt og når store elger skal bedøves og merkes. Skole-hendelsen i 2009 er et eksempel på hvordan det ikke skal være. Det store dyret segnet om like utenfor skolegården, med de konsekvenser det kunne fått for de minste. Norsk institutt for naturforskning (NINA) sier de vil ha dialog med kommunen om hvordan arbeidet foregår, og det virker i dagens situasjon som en god idé. Elgprosjektet preger hverdagen på Vega jevnlig, da er det viktig å lytte til de som har dette like utenfor vinduet.

Likeledes er det viktig at NINA bruker sin fagkunnskap til å sikre at elgen lider minst mulig skade under arbeidet. Det er ikke til å unngå et visst stress for elgen, men merkingen må gjennomføres så elgen lider minst mulig last. Når det er sikret, så må man huske at elgprosjektet til syvende og sist er et naturforskningsprosjekt til dyras beste. De tre elgene som svømte ut til Vega i 1985 og senere etterkommere utgjør et utmerket forskningsgrunnlag for den norske elgstammen, som har økt sin utbredelse de siste tiårene. Vega har sannsynligvis en av verdens best kartlagte elgbestander, forskerne har kontroll på slektsforhold, vekt, hvor elgen holder seg om sommeren og vinteren, kalvingstidspunkt og mye mer. Dette har gitt nyttig kunnskap om blant annet kjønnsfordelingen i en elgstammes betydning for produktiviteten. Samlet sett gir prosjektet forskerne kunnskap som kan brukes over hele landet. Det er nyttig for den norske viltforvaltningen, men forskningen og merkingen må foregå i dialog med og forståelse for lokalbefolkningen.